El Galeón San José del conde de Casa Alegre, capitán general de la Flota de Tierra Firme, se fue a pique por una explosión en su pañol de pólvora que se situaba en la proa, cercano a la base del trinquete (palo delantero del galeón) durante la batalla contra el buque inglés Expedition del almirante Charles Wager, a eso de las 71/2-8 de la noche, el 8 de junio de1708. Inundado el galeón ya sin proa, su hundimiento “dura el breve tiempo en que se pudiera rezar un credo”. “Desvanecido con el aire el humo”, no se “vio la menor reliquia de naufragio” Una tragedia con la desaparición de más de 600 personas y la pérdida de un cuantioso tesoro.
Ante semejante insuceso, con pérdida de la mitad de los impuestos del rey y del producto de Feria del Istmo (la otra mitad estaba en el San Joaquín, el gemelo del San José, que se salvó), en plena guerra de la Sucesión Española (1701-1712), el Consejo de Indias nombró fiscal para que indagara a fondo sobre lo sucedido. Su acuciosa tarea nos ha llegado, entre otros documentos del Archivo General de Indias, en Indiferentes General 2609. Es notable el acervo de detallados interrogatorios a todos los que tuvieron algo que ver con del San José.
Los numerosos testigos vecinos al San José en batalla, en particular la Urca de Nieto, por la popa, y el patache, por babor, coinciden en emplear palabras como explosión, fuego, humo y reflejos por entre las portas de los cañones. Los testimonios no dejan duda: el barco se hundió a causa de un incendio de la pólvora almacenada en el navío, sin que sea posible establecer la causa. De otra parte, el cuaderno de bitácora del Expedition, el buque más cercano al San José, el diario de Wager y otros documentos ingleses atestiguan que vieron la explosión y que astillas ardientes provenientes del San José incendiaron su velamen, aparte de que recogieron a un marinero, que salió volando desde el trinquete hacia ellos. Para el almirante Wager aquella pérdida era un enorme frustración: estaba seguro de que iba a abordarlo y capturarlo, lo que casi lo haría el hombre más rico del mundo.
No es serio que el Icahn, con rueda internacional de prensa, haya salido a dar por cierta la versión del capitán de mar y guerra del San Joaquín, García de Azarte, según la cual el San José se hundió “al abrirse por los costados” porque “semejante especie de fatalidad no la causaron las descargas enemigas sino el estrépito y tormento de la propia artillería del galeón”. Este testigo, si puede llamarse así, estaba muy lejos del lugar de la batalla. Su barco, el San Joaquín, que por orden de Casa Alegre iba en la retaguardia, se había fajado contra el Kingston, otro de los barcos ingleses, y salió mal librado. El resto del tiempo y hasta el día siguiente (9 de junio) lo empleo en reparaciones en aguas tranquilas. Al producirse la explosión del San José se hallaba a más de 10 kilómetros del combate. Lo de García de Azarte pudo haber sido un simple hipótesis, ya que este, en efecto, hacía agua en Portobelo, pero nada que sus bombas no pudiesen manejar.
Don Sancho Jimeno, el héroe de Bocachica en 1697, coincidió con García de Azarte desde 1706 a su llegada con los Galeones. Se conocían como todos los oficiales de Su Majestad en pueblo pequeño. Nunca le mencionó su teoría sobre la pérdida del San José. Quizá el capitán de mar y guerra le daba menos importancia que los neoinvetigadores del Icahn.